জমিয়াতুল আযহার আল-ইসলামিয়া মাদ্রাসা প্রচলিত দ্বীনি শিক্ষার সাথে আধুনিক বিজ্ঞানের এক অভূতপূর্ব সমন্বয় ঘটিয়েছে। এখানে শিক্ষার্থীদের জন্য মাদরাসা, স্কুল ও প্রযুক্তিনির্ভর একটি বৈজ্ঞানিক এবং সহজবোধ্য সিলেবাস প্রণয়ন করা হয়েছে, যাতে তারা হাফেজ বা আলেম হওয়ার পাশাপাশি ভবিষ্যতে সফল ডাক্তার, ইঞ্জিনিয়ার বা আইনবিদ হতে পারে। মাদ্রাসার মূল লক্ষ্য কেবল পরীক্ষার ভালো ফলাফল নয়, বরং শরীয়তের আলোকে শিক্ষার্থীদের উন্নত চরিত্র গঠন এবং চিন্তার শুদ্ধি নিশ্চিত করা। বিশেষ করে মেধাবী শিক্ষার্থীদের অনুপ্রাণিত করতে বোর্ড পরীক্ষায় বিশেষ কৃতিত্বের জন্য “সম্পূর্ণ ফ্রি উমরাহ” পালনের যে অনন্য সুযোগ তারা দিচ্ছে, তা বাংলাদেশে সত্যিই বিরল।